تا این که پس از مرگ ایشان در سال 1314هجری قمری وارد حوزه کربلا
میشود و سپس به حوزه نجف مشرف شود از درس آخوند خراسانی سیراب میگردد و
در اینجا نیز به دلیل توانمندیهای علمی که داشت طرف مشورت آخوند خراسانی
قرار میگیرد و یکی از اعضای هیات استفاء ایشان میشود. از نظر علمی سر آمد
روزگاربوده به گونهای که آقا بزرگ تهرانی از مقام علمی و آگاهی ژرف ایشان
بر دانشهای مختلف سخن میراند و به ویژه در زمینه علم و اصول وی را مجدد
بشمار میآورد. بدین ترتیب نایینی برسکوی بلند استادی در حوزه نجف اشرف
قرار میگیرد و دیری نپایید که درس تحقیقی و علمی او مورد توجه بسیاری از
علما قرار گرفت به نحوی که حوزه درس اوجایگاه بلندی برخوردار گردید و پس از
حوزه درس آخوند خراسانی مقام اول را بدست آورد. شیوه تدریس ایشان مبتنی بر
آگاهیهای علمی و تحقیقات متکی بر استدلال و برهان بود. چنانچه به رغم آقا
بزرگ تهرانی، نایینی دقت نظر و باریک بینی بیمانندی داشته است. از
ویژگیهای نایینی، آگاهی از پدیدههای تاریخی در بررسی و تحلیل مسایل
وپدیدههای علمی، سیاسی، اجتماعی است. وی آگاه به زمان بود و شاید این صفات
بود که در او حسن مسئولیت در برابر آینده اسلام و کشور ایجاد کرده و او را
وارد فعالیتهای سیاسی نموده است.