پس از ورود وی توسعه و ترویج
تشیع در نایین و حوالی آن چشمگیر بود و از آن زمان وی برخی مناصب مذهبی شهر
را در دست می‌گیرد. از یادداشت‌های مربوط به این خاندان بدست می‌آید که از
آن زمان تا سال 1358 ش امامت جمعه نایین به عهده خاندان امامی بوده است.
نیای مادری میرزا حسین نیز از اهل علم و سلوک بوده‌اند ضمن اینکه خوشنویسی و
طبابت نیز از اشتغالات نیای مادری وی بوده است.
میرزا حسین امامی نایینی، تحصیلات قبل از مدرسه را در مکتب خانه میرزا محمد حسین معروف به معلم آغاز کرد. معلم نایینی از خوشنویسان بنام این شهر بود. میرزا حسین در سن هفت سالگی وارد مدرسه نو بنیاد ادیب بقایی معروف به مدرسه گلزار شد. عصرها و در اوقات فراغت نیز از دروس فقهی والدش استفاده می‌برد ضمن اینکه در نایین در امر خلاصه نویسی دعاوی احکام محکمه شرع، پدر را یاری می‌نمود که مکتوبات اولین کار نویسندگی اوست. میرزا حسین امامی پس از طی دوره ابتدایی به علت نبودن دبیرستان در نایین راهی اصفهان شد و به همراه برادرش میرزا محمد سعید در یکی از حجره‌های مدرسه علمیه ذوالفقار در بازار اصفهان ساکن شد. وی در سال 1304 ش در دبیرستان صارمیه اصفهان نیز نام نویسی کرد و در دوره دوم متوسطه، رشته علمی را برای ادامه تحصیل انتخاب کرد. وی در سال 1314 ش در اصفهان موفق به کسب دیپلم علمی شد اما به دلیل از دست دادن پدر نتوانست برای ادامه تحصیل به تهران برود. مدتی بعد به نایین برگشت و به فکر تدوین کتاب تاریخ نایین افتاد. میرزا حسین امامی از سال 1325 ش وارد اداره فرهنگ استان اصفهان شد و به دلیل علاقه‌ای که داشت به تدریس دروسی مانند تاریخ و جغرافیا و به ندرت ادبیات فارسی، فقه و عربی پرداخت.
وی در سال‌های جوانی به فکر تدوین کتاب تاریخ نایین افتاد و حدود ده سال از اوقات جوانی خود را با دقت، علاقه و جدیت به گردآوری مطالبی درباره پیشینه نایین پرداخت. امامی نایینی در راه تدوین و تألیف این اثر ارزشمند متحمل مشکلات زیادی شد ولی با دقت و حوصله آن را به پایان برد. در سال 1370 ش فرزندش احمد امامی قسمت رجال آن را با ادامه حواشی در 330 صفحه منتشر کرد و در سال 1380 ش نیز قسمت تاریخ و جغرافیای نایین را به نام تاریخ نایین قدیم بازنویسی و با اضافاتی منتشر کرد. سپس درصدد تکمیل و زیرنویس یاداشت‌های بسیار، مربوط به دودمان‌های اصیل و وطوایف سرشناس نایین شد که توسط پدرش نوشته شده بود. میرزا حسین امامی نایینی در فعالیت‌های اجتماعی به ویژه امور خیر پیشگام بود. وی بانی مسجد الامام در خیابان بزرگمهر، خیابان کسری غربی اصفهان بود به علاوه در نایین و آبادی‌های اطراف آن به احداث و تعمیر بناهای عام المنفعه‌ای چون مسجد و حمام اهتمام داشت.
سرانجام میرزا حسین آقا امامی نایینی در شب بیستم فروردین ماه 1351 ش بعد از 57 سال زندگی، در شهر اصفهان درگذشت و در مقبره خانوادگی، واقع در یکی از حجره‌های تکیه حاج محمد جعفر آباده ای، جنب مسجد رکن الملوک مدفون گردید.
میرزا حسین امامی نایینی، تحصیلات قبل از مدرسه را در مکتب خانه میرزا محمد حسین معروف به معلم آغاز کرد. معلم نایینی از خوشنویسان بنام این شهر بود. میرزا حسین در سن هفت سالگی وارد مدرسه نو بنیاد ادیب بقایی معروف به مدرسه گلزار شد. عصرها و در اوقات فراغت نیز از دروس فقهی والدش استفاده می‌برد ضمن اینکه در نایین در امر خلاصه نویسی دعاوی احکام محکمه شرع، پدر را یاری می‌نمود که مکتوبات اولین کار نویسندگی اوست. میرزا حسین امامی پس از طی دوره ابتدایی به علت نبودن دبیرستان در نایین راهی اصفهان شد و به همراه برادرش میرزا محمد سعید در یکی از حجره‌های مدرسه علمیه ذوالفقار در بازار اصفهان ساکن شد. وی در سال 1304 ش در دبیرستان صارمیه اصفهان نیز نام نویسی کرد و در دوره دوم متوسطه، رشته علمی را برای ادامه تحصیل انتخاب کرد. وی در سال 1314 ش در اصفهان موفق به کسب دیپلم علمی شد اما به دلیل از دست دادن پدر نتوانست برای ادامه تحصیل به تهران برود. مدتی بعد به نایین برگشت و به فکر تدوین کتاب تاریخ نایین افتاد. میرزا حسین امامی از سال 1325 ش وارد اداره فرهنگ استان اصفهان شد و به دلیل علاقه‌ای که داشت به تدریس دروسی مانند تاریخ و جغرافیا و به ندرت ادبیات فارسی، فقه و عربی پرداخت.
وی در سال‌های جوانی به فکر تدوین کتاب تاریخ نایین افتاد و حدود ده سال از اوقات جوانی خود را با دقت، علاقه و جدیت به گردآوری مطالبی درباره پیشینه نایین پرداخت. امامی نایینی در راه تدوین و تألیف این اثر ارزشمند متحمل مشکلات زیادی شد ولی با دقت و حوصله آن را به پایان برد. در سال 1370 ش فرزندش احمد امامی قسمت رجال آن را با ادامه حواشی در 330 صفحه منتشر کرد و در سال 1380 ش نیز قسمت تاریخ و جغرافیای نایین را به نام تاریخ نایین قدیم بازنویسی و با اضافاتی منتشر کرد. سپس درصدد تکمیل و زیرنویس یاداشت‌های بسیار، مربوط به دودمان‌های اصیل و وطوایف سرشناس نایین شد که توسط پدرش نوشته شده بود. میرزا حسین امامی نایینی در فعالیت‌های اجتماعی به ویژه امور خیر پیشگام بود. وی بانی مسجد الامام در خیابان بزرگمهر، خیابان کسری غربی اصفهان بود به علاوه در نایین و آبادی‌های اطراف آن به احداث و تعمیر بناهای عام المنفعه‌ای چون مسجد و حمام اهتمام داشت.
سرانجام میرزا حسین آقا امامی نایینی در شب بیستم فروردین ماه 1351 ش بعد از 57 سال زندگی، در شهر اصفهان درگذشت و در مقبره خانوادگی، واقع در یکی از حجره‌های تکیه حاج محمد جعفر آباده ای، جنب مسجد رکن الملوک مدفون گردید.
