شهید دکتر شمس الدین حسینی نایینی در سال 1312 در سلطان نصیر نایین در یک خانواده مذهبی به دنیا آمد. وی در سن 4 سالگی از داشتن پدر محروم گردید و نزد مادر بزرگش پرورش یافت. از کودکی طعم رنج را چشید و در میان مردم محروم زیست و از نزدیک با دردهای مردم ستمدیده و مستضعف آشنا بود. وی مدتی از دوران تحصیل را در اصفهان بود و سپس در مدرسه صدر به کسب معارف اسلامی پرداخت. ادبیات را نزد حاج احمد آقا یکی از فضلای حوزه آموخت و در محضر درس مرحوم حاج سید محمد حسین عالم نجف آبادی و آیت ا... زنجانی حاضر میشد.
شهید دکتر حسینی درس تفسیر و نهج البلاغه را از محضر زاهد بزرگ حاج میرزاعلی شیرازی آموخت و پس از پایان دوره مقدمات و سطوح برای تکمیل معلومات ابتدا به قم و سپس به تهران رفت و از محضر آیات عظام طالقانی، حائری، شهید مطهری و راشد کسب تجربه کرد. وی موفق به اخذ درجه لیسانس از دانشگاه الهیات و معارف اسلامی شد، سپس در همان دانشگاه فوق لیسانس گرفت و پایان نامه تحصیلی خود را تحت عنوان جهاد در راه اسلام نگاشت و برای تکمیل معلومات خود بار سفر بست و در کشور هندوستان در دانشگاه اسلامی علیگره که از بزرگترین دانشگاههای جهان اسلام است تحت نظر فیلسوف محقق استاد کلب عابد رساله دکترای خودش را تحت عنوان فلسفه دعا و مقایسه دعای اسلام با سایر ادیان نگاشت