از تولد تا اجتهاد میرزا محمدحسین نایینی، فرزند حاجی میرزا عبد الرحیم ، شیخ الاسلام نایین در سال 1277 هجری قمری در شهر نایین در استان اصفهان به دنیا آمد. وی پس از فراگیری مقدمات علوم دینی در زادگاهش، در سن 17سالگی جهت ادامه تحصیل به اصفهان رهسپار گردید و در منزل حاج محمد باقر اصفهانی اقامت گزید. در حوزه علمیه اصفهان، دانش‌های مقدماتی را به پایانرسانید و علم اصول را از ابوالعلی کرباسی و فلسفه و کلام را از محضر بزرگانی چون شیخ جهانگیر خان قشقایی، شیخ محمد حسن هزار جریبی و شیخ محمد تقی نجفی اصفهانی وفقه را نزد محمد باقر اصفهانی فرا گرفت. سپس در سال 1303 هجری قمری برای ادامه تحصیل راهی عتبات می‌شود و پس از توقفی کوتاه وارد سامره می‌شود و ازتدریس اساتیدی چون سید مجدد شیرازی، سید اسماعیل صدر سید محمد فشارکی بهره می‌برد و در این حوزه است که مورد توجه ویژه میرزای بزرگ شیرازی واقع می‌شود و در اواخر دوران مرجعیت میرزای بزرگ در کاره‌های مهم به ایشان کمک می‌کند و حتی نگارنده ویژه نامه وبیانیه‌های میرزای بزرگ می‌شود.
